拥有肉眼看见“菌”能力的少年泽木直保与他的青梅竹马结城萤一同踏入农业大学，开启了一段充满趣味与探索的旅程。在这个世界里，直保的特殊能力使他能够与周围的“菌”进行对话，甚至徒手抓住空气中的“菌”。

在农业大学里，直保不仅与他的朋友们一起经历了许多欢乐和挫折，还通过与其他人物的互动学习到了大量与菌相关的知识。他的生活因此变得丰富多彩，而他也逐渐发现，自己身边的每一个“菌”都有着自己独特的思想和性格。

动画中精心再现了原作里登场的100种以上细菌，通过CG技术的精湛运用，呈现出壮观的视觉效果。每集动画的片尾都设有“菌剧场”，以2D、3D和写实等特效为观众带来清新可爱、搞笑轻松的科普知识介绍。这些“菌”们不仅造型超萌，还能说话，有的甚至口气狂妄，让人捧腹大笑。

除了直保和结城萤之外，故事中还有许多有趣的角色。例如川滨拓马，他对昆虫有着深入的研究；美里薰则是个喜欢喝酒的农大二年级生；长谷川遥虽然家境富裕、能力出众，但个性现实、难以相处，不过在与直保等人的相处中逐渐开始改变。农大教授树庆藏与直保的爷爷是旧识，受托照顾直保，他的出现也为故事增添了不少深度。

在这个充满欢笑与感动的农大世界里，泽木直保用他的特殊能力与菌们共同演绎了一场场精彩纷呈的故事。通过这些故事，我们不仅能看到友谊、爱情和成长的力量，还能在轻松愉快的氛围中学习到丰富的科普知识。