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机会性触发当抗生素或其他因素扰乱肠道内正常的微生物混合时，一种叫做艰难梭菌的细菌会导致严重的腹泻。

导致严重且有时危及生命的腹泻的肠道病原体是一种机会主义者，它在合适的条件下像大爆炸一样生长。到目前为止，科学家可能已经发现了梭状芽孢杆菌分化的机会。在小鼠体内，肠道内微生物混合物的破坏为艰难梭菌感染奠定了基础。研究人员在10月24日的《科学转化医学》杂志上报告说，这种不适通过提供更多的氨基酸脯氨酸，允许病原体部分繁殖。

美国疾病控制和预防中心估计，2015年有超过1000人患上艰难梭菌(原名艰难梭菌)感染。这种感染通常发生在人们服用抗生素后，可能会导致肠道微生物的通常混合。

明尼苏达州罗切斯特市梅奥诊所的胃肠病学家Purna Kashyap和她的同事们进行了一项实验，将含有正常或干扰性肠道微生物的人类粪便移植到小鼠体内。从肠道菌群正常的人身上移植的小鼠比从混合紊乱的人身上移植的小鼠更能抵抗或控制艰难梭菌感染。

研究人员发现，改变的微生物混合物导致肠道中某些氨基酸的增加，特别是脯氨酸。艰难梭菌可以利用脯氨酸作为主要食物来源，这使得它比不容易消耗氨基酸的微生物具有竞争优势。研究小组发现，喂食缺乏脯氨酸的小鼠食物的小鼠，其肠道中的艰难梭菌细菌比喂食正常食物的小鼠少得多。

Kashyap表示，粪便移植更有效地控制了小鼠体内艰难梭菌的水平。他说，这表明含有其他脯氨酸的细菌的益生菌可能比艰难梭菌更好，有助于恢复肠道微生物的平衡。